Suatu ketika gempa spasial menghancurkan pusat Eurasia yang menelan korban tidak kurang dari 150 juta jiwa.
Tiga puluh tahun setelahnya, Itsuka Shidou bertemu dengan seorang gadis misterius yang datang dari dimensi lain. Gadis itu adalah salah satu “Spirits” yang merupakan penyebab dari gempa spasial 30 tahun yang lalu.